作曲系始建于1927年國(guó)立音樂院創(chuàng)立之初，是我國(guó)最早建立的培養(yǎng)專業(yè)作曲人才的搖籃。由蔡元培、蕭友梅、黃自在中國(guó)首次系統(tǒng)地將作曲與作曲技術(shù)理論納入高等音樂教育體系。1947年譚小麟引進(jìn)了西方現(xiàn)代作曲技術(shù)并深遠(yuǎn)地影響了中國(guó)現(xiàn)代音樂創(chuàng)作。1949年賀綠汀擔(dān)任首任作曲系主任。1950年由丁善德任系主任。1956年楊嘉仁任指揮系主任。1965年作曲系、指揮系合并。1978年—1983年，鄧爾敬任系主任。1983年—1991年，陳銘志任系主任。1991年—1998年，楊立青任系主任。1998年－2009年，何訓(xùn)田任系主任。2009年起，許舒亞任作曲系主任。
80年來，蕭友梅、黃自、譚小麟、賀綠汀、丁善德、錢仁康、鄧爾敬、桑桐、陳銘志、馬革順、王建中、楊嘉仁、黃曉同等老一輩作曲家、指揮家、教育家和現(xiàn)任的專家、教授們，培養(yǎng)了大批享譽(yù)國(guó)內(nèi)外的優(yōu)秀音樂人才，為院系，乃至為中國(guó)音樂教育和文化事業(yè)的建設(shè)與發(fā)展做出了巨大貢獻(xiàn)。2007年9月，指揮專業(yè)從作曲指揮系分出，恢復(fù)獨(dú)立建制的作曲系。
何占豪、陳鋼的《梁?！芬酝?，宋歌、吳基學(xué)等許多優(yōu)秀學(xué)生作品在重大國(guó)際作曲比賽中取得佳績(jī)。
主要課程由和聲、復(fù)調(diào)、曲式、配器四大件擴(kuò)展為五大件（加電子音樂）。如今，作曲系有雄厚的師資，具備國(guó)際先進(jìn)的教學(xué)、創(chuàng)作和科研水平。
